א'] האיסור ליטול תרופה בשבת הוא משום שחיקת סממנים שחכמים גזרו שלא לקחת תרופות בשבת שמא לא יהיה לו תרופה וילך ויטחן מצמחים שונים תערובת של תרופה בשבת. בראשית הדברים יש להדגיש שכל האיסור ליטול תרופה בשבת הוא רק לאדם בריא שיש לו כאב בראש או כל מיחוש בכל מקום שהוא, אך הוא לא במצב שצריך לשכב מחמת הכאב, אך חולה גם אם אין כל סכנה בחוליו יכול ליטול כל תרופה בשבת ללא כל חשש כל אדם שאינו עושה את הדברים שרגיל לעשות ואינו מתהלך לכל מקום ומקומו הוא במיטה הוא מוגדר כחולה לצורך זה ויכול לקחת כל תרופה שימצא לנכון. 

במקרה ואינו חולה אך רוצה לקחת תרופה כדי להעביר מיחושים שונים נאסר ליטול תרופה לצורך זה, גזירה שאם יותר לקחת תרופה יבוא גם לטחון סממנים שונים כדי לעשות את התרופה 1.

ב'] גם בתרופה שאין התר ליטלה בשבת מצאנו היתר ליקחה בשבת. בגמ' בשבת בדף קח: כתוב על קילורין שזו תרופה שהיו רגילים להניח על העינים, הותר לקחתה בשבת, בתנאי ששרה את הרטייה שרוצה להניח בה את הקילורין מערב שבת, במקום להשרות כרגיל רק לפני השימוש בשבת עצמה.ביאר רש"י  שמשנה מהדרך הרגילה ומשרהו כבר בחול, ולא כמו הרגילות להשרות ממש לפני השימוש, והרואים גם לא יאמרו שעושה רפואה בשבת כיון שאין נראה לכולם שלוקח תרופה בשבת, שכן הקילורין נראים כמים, ולא נראה לאחרים שהוא מתעסק ברפואה. מצד שני כתוב בגמ' בדף יח שאדם שצריך רפואה זו יש לו להניח הרטיה על גופו כבר מערב שבת.הראשונים מקשים מדוע הצירכוהו להניח הרטיה כבר מער"ש יניח בשבת, ובשינוי כמו התר הגמ' בדף קח להניח בהתרופה בשבת עצמה. התוס' אומר שההיתר להניח בשבת הוא רק לאדם בריא אך מי שלוקח את האניגרון למטרת רפואה אין כל התר אם יניח בשינוי. נמצא שלפי תוס' אין כל התר ליטול תרופה בשבת בשינוי, באופן שאסור ליטלה.

אך לפי רש"י עוזר שינוי בדרך הלקיחה גם לחולה ומה שבדף יח הוצרך ליקחו כבר מערב שבת הנראה לבאר שרש"י סבר כחילוקו של הרא"ש שבקילורין עבים ניכר שעושה לרפואה ובדף יח מדובר בקילורין עבים, ולכן אמרו שצריך להניחם כבר מערב שבת. שכן כל הרואהו מניח הקילורין בשבת רואה אדם שמניח רפואה על עינו בשבת ואינו יודע שהוא כבר השרה את הרטיה מערב שבת ומותר לו. 

וכן נפסק להלכה בשו"ע בסימן שכ"ח בסעיף כ"א מותר להניח קילורין והוא הדין לכל רפואה בשבת אם התחיל בזה כבר בערב שבת. שכן הוא עצמו לא יבוא לשחוק סממנים שכן יודע הוא שהצריכהו להשרות מערב שבת, וקילור שאינו עבה אין נראה כלל שהוא רפואה.

ג'] נמצא שלהלכה מותר ליטול תרופה בשבת אם 1. הדבר אינו נראה כרפואה 2. אם לוקחו בדרך שונה ממה שרגיל ליטלה בחול.

הפוסקים רצו לדון מכוח התר זה להתיר נתינת  תרופות שונות כדוגמת אקמול בתוך מאכל כדוגמת לבן וכד' מערב שבת כדי שיותר להשתמש בהם בשבת, והוא הדין לשנות באמצע השבת ע"י שאין לוקח הכדור כדרכו אלא מערבבו בתוך מאכל. כך שאין ניכר שלוקח כדור, וגם משנה מהרגילות, שלוקחו בתוך המאכל.

באיגרות משה באורח חיים חלק ב' בסימן פ"ו כתב שאין להתיר דבר שאין הרגילות להשרותו במאכל, שכן יבוא גם להשרותו וגם לטוחנו, וכתב שתי סברות לאסור. סברא ראשונה כתב שכיון שאין הרגילות להניח את התרופה בתוך מאכל אין זה דומה למקרה שהגמ' התירה שבה משנה מהדרך בה רגיל להשרות שמשרה בערב שבת, כאשר אין רגילות כלל להשרות אין התר להשרות וליצור ע"י כך שינוי. ועוד כתב שכיון שבמקרה של הגמ' הרגילות  היא להניח הרטיה בסממנים כאשר שם מלפני שבת זה נקרא שכבר התחיל את הרופאה בשבת, ולכן התירו להמשיך, אך כשאין צורך בהשריה במאכל אין זה נקרא שמתחיל מלפני השבת, וכל ההתר שמצאנו בגמ' זה רק אם מתחיל את הרפואה מלפני השבת,  אך אם אין התחלה של לקיחת הרפואה מלפני השבת אין כל התר לקחתה בשבת ואפילו בשינוי.

  

האופן היחיד שהתיר האגרות משה הוא כאשר הדרך הרגילה היא לערבב את התרופה בתוך מאכל, והאדם (הוא עצמו ולא אחר) מקדים ומערבבה מערב שבת זה שינוי שמתיר לכל אדם ליקח התרופה בשבת, אך בתנאי שאין ניכר לרואים שזה תרופה, ונראה להם כמאכל. 

אך בספר שמירת שבת כהלכתה הביא את דעת הרב שלמה זלמן אוירבך שהתיר ליקח כל תרופה בשבת אם שינה מהאופן הרגיל שלוקח, אך כתב שבשבת עצמה אין התר לשנות וליטול התרופה, ורק אם משנה לפני השבת מהרגילות מותר.